在《星際迷航》中,“博格人”(Borg)是一個虛構(gòu)的宇宙種族,它們能吸收其他物種的知識和技術(shù)以達(dá)到完美。因此,當(dāng)美國加州大學(xué)伯克利分校地質(zhì)學(xué)家Jill Banfield,在后院泥巴里的DNA中發(fā)現(xiàn)了一種包含各種微生物基因的奇怪線狀染色體時,將其命名為Borg。
這種新型遺傳物質(zhì)的身份成謎,它可能是病毒基因組的一部分,可能是一種奇怪的細(xì)菌,或者只是細(xì)胞外一個獨立的DNA片段。
迄今為止,研究人員發(fā)現(xiàn)了許多DNA獨立“漂浮”在染色體外的例子。例如,廣泛存在于生物界的質(zhì)粒是細(xì)菌、酵母菌和放線菌等生物中染色體(或擬核)以外的DNA分子,在不同種類的細(xì)菌之間傳遞阻斷抗生素的基因。
但Banfield和她的研究生Basem Al-Shayeb在尋找的并不是能在生物體間移動的DNA。相反,他們正在尋找可感染古細(xì)菌的病毒。
古細(xì)菌是一種常見于缺氧地區(qū)的微生物。Banfield帶領(lǐng)團(tuán)隊在地下1米或更深處挖掘,以收集可能含有古細(xì)菌及其病毒的泥漿樣本。然后,他們對樣本中的每一段DNA進(jìn)行了測序,并使用復(fù)雜的計算機(jī)程序掃描出病毒的序列。
“我們的研究從一塊包含了10萬億個DNA片段的泥巴開始。”Banfield說,其中一個樣本是從她家后院的泥土中提取的,其中含有一段DNA,長度接近100萬個堿基,里面超過一半的基因是新的。這種線性DNA在開端和末尾有一種特殊的堿基模式,在其基因之間有不同的重復(fù)DNA片段,這表明Borg能進(jìn)行自我復(fù)制,而且它不僅僅是基因的隨機(jī)混合。
在確定了第一個Borg序列后,研究人員開始掃描公共數(shù)據(jù)庫中的微生物DNA,看能否找到類似的序列。最終,他們在科羅拉多地下水約1米深的地方發(fā)現(xiàn)了另一個Borg,并且水越深發(fā)現(xiàn)的Borg越多。還有Borg序列發(fā)現(xiàn)自加利福尼亞州的一個廢棄水銀礦中,以及科羅拉多州的一個淺河床上。
研究人員近日在預(yù)印本服務(wù)器bioRxiv上報告稱,他們共分離出23個可能是Borg的序列,其中19個已經(jīng)確認(rèn)具有他們發(fā)現(xiàn)的第一個Borg的所有特征。其中有些序列差不多有100萬個堿基長。
由于Borg會與一種名為 Methanoperedens的甲烷氧化古生菌的DNA同時出現(xiàn),因此研究人員推測Borg可能存在于其內(nèi)部,但由于實驗條件限制尚無法對此進(jìn)行證實。同時,研究小組成員排除了Borg來自另一種微生物的可能性,因為它們?nèi)狈υS多生命或病毒必需的基因。
關(guān)于Borg究竟如何產(chǎn)生的,Banfield等人也不清楚,它身上還有許多謎團(tuán)等待被解開。