截至5月21日，來自葡萄牙、比利時、美國的三個研究小組分別公布了近期在全球多地暴發(fā)的猴痘（Monkeypox）疫情中感染者所攜帶病毒基因組序列的初步結果。三份猴痘病毒（MPXV）的DNA序列初步顯示同源，同屬溫和的西非株系，其與2018年和2019年在英國、新加坡和以色列發(fā)現(xiàn)的猴痘病毒關系密切。

此前世界衛(wèi)生組織曾表示，猴痘病毒主要有兩個分支：西非分支和剛果盆地分支。西非分支的致死率較低，大約1%的感染會導致死亡；剛果盆地分支則可以導致10%的死亡率。

根據世界衛(wèi)生組織的最新統(tǒng)計，截止5月21日，已有12個非猴痘流行國家向世衛(wèi)組織報告了129起猴痘確診病例和28起疑似病例，預計全球猴痘確診病例還會繼續(xù)增加。

猴痘通常始于流感樣癥狀和淋巴結腫大，癥狀通常與天花相似，但比天花癥狀溫和。早期癥狀包括發(fā)燒、肌肉疼痛、發(fā)冷和疲勞。在更嚴重的情況下，通常會出現(xiàn)在面部和生殖器上的皮疹，類似于水痘和天花。疼痛和瘙癢的病灶可以在全身形成，最終成為結痂和脫落。

感染猴痘的人通常在感染后7到14天開始出現(xiàn)癥狀，病情通常會持續(xù)幾個星期。世界衛(wèi)生組織和美國疾病控制與預防中心都宣稱，“盡管大多數人能從病毒中康復，但在某些情況下，它可能是危險的，甚至可以致命。”

當地時間5月19日，葡萄牙國家衛(wèi)生研究所的約翰.保羅.戈麥斯（João Paulo Gomes）及其同事在（https://virological.org）網站上，以論文形式公布了團隊5月4日對一名葡萄牙男性患者攜帶的猴痘病毒的基因組測序草案（PT0001）。這也是近期全球多地暴發(fā)猴痘疫情以來，第一份猴痘病毒最新基因組的測序結果。

團隊用QIAamp DNA血液試劑盒(Qiagen)從患者皮膚滲出樣品中提取出猴痘病毒的DNA，使用快速條形碼測序試劑盒(SQK-RBK004)，在Oxford Nanopore MinION平臺上對病毒基因組進行了鳥槍法宏基因組測序。整個基因組的平均覆蓋深度約為7倍。（覆蓋深度，亦稱測序深度，指每個堿基被測序的平均次數，即測序的數據總量與基因組大小的比值）隨后，團隊利用INSaFLU在線平臺，將多個短基因片段（reads）映射到一個相關的參考基因組序列上(MN648051.1)，并手動檢查基因組序列以驗證變異位置。公布的基因組草圖序列覆蓋了92%的參考序列。

圖一：葡萄牙團隊公布的基因進化樹分析草案基于對包括52個猴痘病毒基因序列的核心比對（在137 668 bp長度的基因序列中比對了955個變異位置）

根據這篇論文，基因進化樹分析草案顯示，分離出來的病毒與2018年和2019年從尼日利亞傳播到英國、以色列和新加坡的病毒有密切關系。論文作者表示，一旦獲得高深度的Illumina數據（測序還在進行中），病毒基因組序列將被進一步呈現(xiàn)。

截至5月19日，葡萄牙已經確診了20多例猴痘病例，相關研究者已經啟動了對若干病毒樣本的基因組測序。”隨著更多病毒基因組測序完成，數據和分析將會進一步更新，這對于闡明目前正在傳播的病毒的起源和國際性傳播具有重要意義。”論文作者說。

比利時的樣本報告則于當地時間5月20日公布。比利時安特衛(wèi)普大學的研究人員在(www.virological.org)上發(fā)布其對該國一名猴痘患者攜帶的病毒基因測序報告，該比利時男性病例30歲，有葡萄牙里斯本旅居史，5月13日以肛周丘疹和雙側腹股溝淋巴結疼痛性腫大就診于ITM性傳播感染診所。他的伴侶后來也出現(xiàn)了類似的癥狀。對取自病變的樣本的初步調查顯示，單純皰疹病毒和梅毒螺旋體呈陰性，猴痘病毒呈陽性。

隨后，研究者在Oxford Nanopore的minION平臺上使用非靶向宏基因組學方法獲得猴痘病毒全基因組序列數據，重構了98.9%的基因組，平均測序深度為18.9倍。

圖二：比利時團隊公布的猴痘病毒基因進化樹

研究者稱，通過對新測序基因組與此前公開基因組的蛋白質編碼區(qū)的核心區(qū)域進行快速比對，他們發(fā)現(xiàn)，比利時猴痘病毒基因組（ITM_MPX_1）也屬于猴痘病毒的西非分支，與最近上傳的葡萄牙疫情基因組關系最為密切，這進一步證明了在歐洲有大量的社區(qū)傳播。

第三份猴痘病毒基因組測序報告（MA001）由美國研究者公布。當地時間5月20日，美國的研究團隊公布了5月18日在美國馬塞諸塞州確診的猴痘患者所攜帶病毒的基因測序結果。目前的數據結果僅公布在國家醫(yī)學醫(yī)學圖書館的數據庫中，未有相關文章公開發(fā)表。（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2241461119）

英國愛丁堡大學的演化生物學家安德魯·蘭博特（AndrewRambaut）對這三份基因測序草案進行了對比并發(fā)表評論稱，

“與2018年的UK_P3（英國）基因組相比，MA001(美國)和PT0001(葡萄牙)的基因組序列擁有許多相同的核苷酸變異，其中有一些是合理的，但由于它們都是通過Nanopore平臺測序得到，所以可能含有該平臺的系統(tǒng)人工誤差。比利時的（ITM_MPX_1基因組）可能與這個進化支有差異——它位于這棵進化樹如此底部的位置，這很不尋常，并且，在很多有n的位置上與ma001和PT0001有所差異。”

圖三：安德魯·蘭博特匯總的猴痘病毒基因進化樹

圖四：猴痘病毒基因組樣本的核苷酸變異比對

“此前，我們曾估計天花病毒（猴痘的近緣病毒，同屬正痘病毒屬）的基因組每年每個位點大約有1x10-5個替換，而這將造成病毒平均每年1-2個核苷酸變化。這是估計的高端。然而猴痘病毒可能沒有完全相同的進化速度。”安德魯·蘭博特說。

他同時表示，覆蓋更深的進一步測序將改進暴發(fā)病毒株共有基因組的創(chuàng)建，但在解釋這些初始基因組時，除了對2017—2019年進化枝的基因進化樹定位外，還是應該保持謹慎。

本輪疫情是由病毒單一變體引發(fā)嗎？

據SCI醫(yī)科網介紹，猴痘病毒是痘病毒科正痘病毒屬猴痘病毒種病毒，具有正痘病毒的典型形態(tài)。形態(tài)與正痘病毒一致, 外形為圓角磚形或卵圓形,大小為200nm~400nm。猴痘病毒的基因組為雙鏈DNA，長約197 kb，基因組末端包含一個相同但方向相反的末端反向重復序列。在理化學特性上，猴痘病毒介于天花病毒和痘苗病毒之間。抵抗乙醚，對干燥有較強抵抗力，但易被氯仿、甲醇和福爾馬林滅活。56°C加熱30分鐘,也易使其滅活。

人類與猴痘病毒交手已有半個多世紀的時間。1958年這一病毒首次在研究用猴子群體中發(fā)現(xiàn)，1970年剛果民主共和國發(fā)現(xiàn)了首例人感染該病毒的病例。但在此次全球多國出現(xiàn)不尋常的猴痘疫情之前，大多數猴痘感染都發(fā)生在中非和西非地區(qū)。

2017年9月至2018年4月，西非有記錄的最大的人類猴痘疫情在尼日利亞暴發(fā)。疫情中總共出現(xiàn)了244例病例，包括101例確診病例，在地理上分布在尼日利亞的25個州和聯(lián)邦首都地區(qū)，死亡6例(病死率2.5)。2017年9 - 12月的數據統(tǒng)計顯示，病例以男性為主(75%)，年齡21-40歲(中位30歲)。最初的病例群(兩兄弟、他們的叔叔和一個鄰居)在殺死并吃了鄰居家捕獲的猴子后患病。

2018年，英國出現(xiàn)了三起猴痘病例，一名從尼日利亞回到英國的人感染了他們家庭的另外兩名成員。今年歐洲出現(xiàn)的第一個猴痘病例也是從尼日利亞回到英國后于5月確診。

美國新科學家（www.Newscientist.com）雜志最新評論說，目前的猴痘疫情是中非和西非以外最大的同類疫情，隨著對更多的病毒樣本基因組進行測序，研究者們或許將得出結論，即是否一種猴痘病毒的單一變體導致了最近一次疫情中的所有病例。

”但要確定這種變體是否有獨特之處并不容易。”文章說，即使是現(xiàn)在已經得到充分研究的新冠病毒，也很難將特定的突變與病毒傳播能力等方面的變化聯(lián)系起來。猴痘病毒有一個龐大的基因組——大約有20萬個堿基對，而冠狀病毒只有3萬個堿基對——目前科學家們并沒有那么深入的研究。

標簽： 猴痘病毒